Exercices bio mol

[karo67]

L'ADN du bactériophage Lambda est digéré par HindIII afin d'obtenir
un marqueur moléculaire. ce marqueur est composé de 7 fragments de
23130, 9413, 6557, 4361, 2322, 2027, et 560. Quelle est l'unité pour
définir la longueur des fragments: ...........??????? est-ce les
bases??????
500 ng de ce marqueur sont utilisés lors de la migration d'un gel
d'électrophorèse. Quel type de gel utilisé vous?..............: gel
d'agoarose ou d'acrylamide

A quelle quantité d'ADN correspond chaque bande du marqueur/
23130: .........ng
9413:
6557:
4361:
2322:
2027:
560

Est ce que mon raisonnement est juste: l'ensemble de mes fragments
conctituent le marqueur donc mon marqueur mesure:
23130+9413+6557+4361+2322+2027+560= 46343 bases? On sait qu'on a 500 ng
de ce marqueur donc 500ng correspondent à 46343 bases donc pour 23130
base j'ai: 23130x 500/46343= 249.55 ng


Exo n°2: 3.02.10-9 pb=...........kb?????

Vous recevez sous forme lyophilisées 2 amorces avec les infos
suivantes:

Amorce1: 5' CTT GCA CTG GAA ACG GAT GT 3' 19.8 OD, 540 µg, 87.1 nmol,
MW 6197 g.mol-1
Amorce 2: 54 TCC TCG TGC TTG TGA TTC TG 3' 9.9 OD, 310µg, 51.0 nmol MW
6081 g.mol-1

Comment procédez vous pour préparer des sol d'amorces à
100pmol.µl-1? Comment les conservez-vous?








Toute aide sera la bien venue. Merci à toutes et à tous

[Le_T]

digestion par HindIII de l'ADN du phage Lambda [sept bandes sont
visibles de tailles 23 - 9,5 - 6,6 - 4,3 - 2,3 - 2 et 0,56 kb (1 kb =
1000 paires de bases)].

Ici, tes tailles de bandes sont donc exprimées en bases.
L'etape suivante est de calculer le POIDS d'une base. Tu connais le
poids moyen d'une base (sinon tu prends les formules des quatres, et tu
fais une moyenne (en supposant que la moyenne non pondérée soit
valable ;-) )). A partir de ca, tu peux savoir le poids de ton
plasmide, et donc combien de plasmides tu as dans 500ng

Pour ton gel, tu utilises de l'acrylamide (puisque c'est des ADN).
Apres, tu as le choix du type de gel acrylamide... SDS-PAGE ou Urée à
7M (conditions dénaturantes)

exo 2 : 1kb = 10^3 pb ;-)

pour la suite, tu dois faire une simple conversion d'unités...
Exprime (si ca te semble plus simple) les valeurs qu'on te donne avec
des g/mol, des mol, des g, et tu dois obtenir des mol/L ...
Donc, en gros, il faut que tu calcules le poids d'amorces a mettre pour
1L de sol

[karo67]

Mamamilla je n'y arrive toujours pas malgrè ton aide. Merci pour
l'info qu' 1 kb = 1000 paire de base. Entre nous une paire de base
correspond à 1 base moi pô tout comprendre. Pour moi, paire veut dire
deux????

je connais le poids moyen d'une base comment???? Mon raisonnement
n'était pas bon alors quand je trouvais 23130 base pèsent 249.55 ng??

Pour l'exo 2 quand je cherche la concentration molaire de mon amorce en
choisissant 1l de solution je trouve comme c donné dans l'énoncé:
87.1 nmol.L-1 ( 540.10-6 / 6197x1 = 8.71 mol.l-1 )

Autre chose ça veut dire quoi 19.8 OD pour l'amorce 1 et 9.9 OD pour
l'amorce 2. est-ce que cela a un rapport avec la densité optique, je
sais que 1 DO à 260 nm correspond à 50 µg d'ADN.

[Le_T]

alors...
pour calculer le poids moyen d'une base, c'est pas super compliqué,
logiquement si tu as suivi des cours de bio molec on t'a donné une
masse moleculaire, et a partir de ca tu peux retrouver la masse ( 1 Da
: poids d'un atome d'hydrogene, ou 1/12° du poids d'un atome de C12 ).

Quand tu trouve 23130 bases -> 249 ng, en fait tu calule la masse
cumulée de tous les fragments 23kb de tes plasmides, et pas la masse
d'un seul plasmide.

A partir du moment ou tu auras le poids de n paires de bases, tu
pourras calculer la masse d'UN fragment 23130pb, et donc le nombre de
plasmides que tu as au total dans ton mix.

Pour les OD, j'ai jamais fait tres attention a ca en utilisant des
amorces, mais ca me semble a peu pres logique que ca corresponde a
Optical Density... Ensuite, tu peux avoir ton poids, et tu peux
calculer les quantités pour réaliser ton mélange

[karo67]

Je n'ai jamais fait de bio mol de ce niveau. L'exo je le tire d'un
annale de concours posant des questions de bio mol et je passe un
concours mardi où il y a de la bio mol dans le profil du poste. Donc
du coup dans l'énoncé je n'ai aucun indice concernant la masse
moléculaire d'une base. J'ai mis toutes les infos dont je dispose dans
l'énoncé.
Comment t'y prendrais-tu pour résoudre l'exo 2. Ne te gâches pas ton
samedi aprem pour moi :-)) mais bon si tu peux m'aider j'accepte
volontier ;-))

[Le_T]

Je calculerais tout simplement le poids d'une mol de chaque amorce ;-)