Revolutionnaire: nouvelle technique de sequencage des AN

[Jerry M.]

A qui cela pourrait intéresser, une technique de séquençage des acides
nucléiques en masse, rapide et très bon marché vient de sortir. Pour
l'instant décrite uniquement pour les ADN, il serait trop facile de
parier que l'article concernant les ARN est en cours d'édition. Cela
vient d'être publié dans les deux articles suivants:

(1) http://tinyurl.com/ca8yj
(2) http://tinyurl.com/9r5va

(commentaire sur le dernier: http://tinyurl.com/959qy)

Cette nouvelle technologie qui renvoie au placard le pluridécennal,
vénérable et traditionnel mais lent et coûteux protocole de Sanger pour
le séquençage de l'ADN, permet non seulement de prévoir des séquençages
de génomes entiers ultra-rapides et à un coût très très dérisoire, mais
en plus et avec un peu d'imagination, aussi la fin de la pourtant toute
jeune mais surtout coûteuse technologie du RNA microarray (houlàlà, y'en
a qui ne vont pas être contents, du style les actionnaires d'une
certaine compagnie productrice des fameux chips!).

Du coup, on apprend (ou du moins, moi) aussi grâce à ces fabuleuses
publications, un nouveau terme qui aura du futur et qui sera
certainement à rajouter à son lexique quotidien: la technologie du
POLONY, de POLymerase-colONY, une sorte de PCR tout à fait classique
mais réalisée dans une "colonie" artificielle, soit une petite bulle
d'eau de quelques picolitres noyée dans une mayonnaise d'huile et en
compagnie de mille milliards de mille autres bulles du même genre mais
différentes (chacune ayant son propre bout d'acide nucléique à analyser).

Fascinant! Formidable! Fantastique! Et presque époustouphlant!

JM

[Charles]

Post by Jerry M.
POLONY, de POLymerase-colONY, une sorte de PCR tout à fait classique
mais réalisée dans une "colonie" artificielle, soit une petite bulle
d'eau de quelques picolitres noyée dans une mayonnaise d'huile et en
compagnie de mille milliards de mille autres bulles du même genre mais
différentes (chacune ayant son propre bout d'acide nucléique à analyser).

Dans le même genre, il y a aussi les technologies de 454 et Solexa :

http://www.454.com/
http://www.solexa.com/

C'est clair que toutes les techniques gourmandes en séquençage (SAGE,
CAGE, MPSS, DACS, ...) vont en bénéficier énormément. Est-ce la fin
programmée des puces à ADN ?

[Jerry M.]

Est-ce la fin programmée des puces à ADN ?

On parie?

JM

[Charles]

Post by Jerry M.

Est-ce la fin programmée des puces à ADN ?

On parie?

Bossant sur une technique d'étude de l'expression des gènes basée sur le
séquençage en masse de 20mers, j'ai déjà pris mon parti...

[Jerry M.]

Post by Charles

Post by Jerry M.

Est-ce la fin programmée des puces à ADN ?

On parie?

Bossant sur une technique d'étude de l'expression des gènes basée sur
le séquençage en masse de 20mers, j'ai déjà pris mon parti...

Tu as tout à fait le droit de rater "le train" du "progrès qui ne cesse
de partir", et de croire qu' "ils" vont peut-être attendre gentiment que
tu finisses ton "projet", afin qu'ils puissent finalement "profiter" de
ton "savoir" pour "planifier" le pas suivant.

C'est franchement pas mal ce truc, moi je m'y serais bien lancé dans une
sorte d'aventure du genre si je n'avais pas eu mon taxi à faire le plein!

Mais bon, revenons aux sérieux: il faut faire un doctorat, ça en vaut
vraiment la peine, croyez-moi.

Le pas suivant de ton projet je crois qu'il s'appelle le "post-doc".

Et là, moi je suis franchement désolé, mais je ne peux absolument pas en
parler....

JM

[Charles]

Post by Jerry M.
Tu as tout à fait le droit de rater "le train" du "progrès qui ne cesse
de partir", et de croire qu' "ils" vont peut-être attendre gentiment que
tu finisses ton "projet", afin qu'ils puissent finalement "profiter" de
ton "savoir" pour "planifier" le pas suivant.

Je suis parti loin, très loin d'"eux", car effectivement je n'avais pas
envie d'être "piloté" de près par une alliance de mandarins et de
bureaucrates.

Post by Jerry M.
Mais bon, revenons aux sérieux: il faut faire un doctorat, ça en vaut
vraiment la peine, croyez-moi.

Oui, c'est comme le ski : qu'est-ce qu'on se sent bien quand c'est fini!

Post by Jerry M.
Le pas suivant de ton projet je crois qu'il s'appelle le "post-doc".
Et là, moi je suis franchement désolé, mais je ne peux absolument pas en
parler....

Ça me fait penser au "Nature" de hier, qui versait une larme sur les
chercheurs seniors. Quelle horreur, ils doivent subir la précarité et la
mobilité s'ils veulent continuer dans la recherche, et il disent que
c'est une passion, alors il faudrait être sympa s'ils sont moins
productifs...

C'est curieux, je connais la rengaine, je sais où ils l'ont apprise : de
la bouche des jeunes chercheurs qu'ils éjectent du monde académique
chaque année !


Bon, c'est pas tout, mais il faut que je bosse, sinon je serait mis à la
retraite à 31 ans...

[Jerry M.]

On Fri, 12 Aug 2005 10:26:54 +0900, Charles

Post by Charles

Post by Jerry M.
Mais bon, revenons aux sérieux: il faut faire un doctorat, ça en
vaut vraiment la peine, croyez-moi.

Oui, c'est comme le ski : qu'est-ce qu'on se sent bien quand c'est fini!

C'est d'ailleurs tellement bien quand c'est fini qu'on serait presque
tenté de recommencer, n'est-ce pas?

Post by Charles
Ça me fait penser au "Nature" de hier, qui versait une larme sur les
chercheurs seniors. Quelle horreur, ils doivent subir la précarité
et la mobilité s'ils veulent continuer dans la recherche, et il
disent que c'est une passion, alors il faudrait être sympa s'ils
sont moins productifs...

Mouarf!

En tout cas on ne peut être que d'accord avec l'Editorial: "it has
never been tougher for young scientists to win faculty positions".

Mais qu'est-ce qu'on fout là?!?

Post by Charles
Bon, c'est pas tout, mais il faut que je bosse, sinon je serait mis
à la retraite à 31 ans...

Dépêche-toi, souviens-toi que si tu n'as pas moins de 25 ans et au
moins dix publis, dont quatre dans un journal d'un impact factor d'au
moins le double de ton age, tu n'auras aucune chance de trouver un
emploi (ou alors condamné a être post-doc jusqu'à passée ta retraîte
et jusqu'après ta mort, pour toujours en enfer).

JM

[Dom Férampière ©®]

À Jerry M. et aux autres lecteurs de passage

Post by Jerry M.
Dépêche-toi, souviens-toi que si tu n'as pas moins de 25 ans et au
moins dix publis, dont quatre dans un journal d'un impact factor d'au
moins le double de ton age, tu n'auras aucune chance de trouver un
emploi ......

Tu oublies d'autres critères:
- être tri, voire quatriligue,
- être humble vs salaire,
- oublier les 35 H franco-françaises,
- prêt à figurer dans les auteurs à une place laissant la place
belle à d'autres qui ... que ..... (tant que l'on n'est pas
seulement dans les remerciements !
- itou pour les éventuels brevets
etc .........

[Jerry M.]

Post by Dom Férampière ©®
À Jerry M. et aux autres lecteurs de passage

Post by Jerry M.
Dépêche-toi, souviens-toi que si tu n'as pas moins de 25 ans et au
moins dix publis, dont quatre dans un journal d'un impact factor d'au
moins le double de ton age, tu n'auras aucune chance de trouver un
emploi ......

- être tri, voire quatriligue,

Donc être un avide supporter d'au moins plusieures ligues de foot, par
exemple. Ça va mal, j'ai horreur du sport...

Ceci dit, quand j'étais en Helvétie nous avions une blague qui faisait
fureur:

Q: Comment appelle-t'on quelqu'un qui parle trois langues?
R: Un trilingue
Q: Et un qui en parle deux?
R: Un bilingue
Q: Et celui qui n'en parle qu'une seule?
R: Un Français, mouaaarf!!!

Cette blague était spécialement amusante parceque nous avions dans notre
labo un Français qui s'obstinait fanatiquement à ne pas faire usage
d'une autre langue que le français (pas très pratique pour soumettre des
articles dans de bonnes revues).

Mais lorsque j'ai débarqué dans la Perfide Albion et voyant que les
rosbifs n'en rataient pas une de casser du sucre sur le dos des
"froggies", j'ai cru que cette bonne vielle blague helvétique allait
facilement pouvoir être importée et allait faire un tabac. Résultat: la
cata, l'horreur totale, la honte! En effet, j'ai oublié de me rendre
compte à temps que la très très forte majorité des anglophones qui
m'entourait, mon patron compris, étaient encore plus monolingues que la
moyenne des Français!!!

Heureusement, quelqu'un de très perspicace a réussi à faire passer cette
monstrueuse gaffe pour de l' "humour continental", impossible donc par
définition à comprendre pour un Anglais...

Post by Dom Férampière ©®
- être humble vs salaire,

Il faut se dire que la théologie ça paye encore moins bien.

Ça eu payé, mais ça paye plus...

Post by Dom Férampière ©®
- oublier les 35 H franco-françaises,

En changeant de labo (et de pays), on m'a imposé quelque chose
d'extraordinaire: interdiction de travailler avant 7:00 et après 19:00,
et interdiction de travailler les weekends (il m'a fallu un sacré moment
pour m'y habituer!). Le prétexte? Les risques d'accidents, pouvant mener
à des poursuites légales extraordinaires s'ils arrivent hors des heures
de travail réglementaires. Evidemment, comme c'est impossible de
vraiment travailler efficacement ainsi dans notre métier, des exceptions
ont été prévues: toute activité professionnelle hors de ces heures
normales de travail prévues doit donc être sujette à une évaluation très
très sérieuse des risques encourus (y compris par exemple, travailler à
l'ordinateur), et seules les activités au risque strictement
insignifiant sont autorisées (travailler à l'ordi est limite-limite, car
on risque une scoliose à tout instant, sspas?).

Post by Dom Férampière ©®
- prêt à figurer dans les auteurs à une place laissant la place
belle à d'autres qui ... que ..... (tant que l'on n'est pas
seulement dans les remerciements !

Ou qu'on est tout bonnement même pas mentionné du tout. Ça m'est arrivé
récemment, avec les plus plates excuses posthumes des auteurs en
question.

Post by Dom Férampière ©®
- itou pour les éventuels brevets

A propos de brevets, j'ai une sérieuse question à te poser! Mais je vais
faire ça en privé, car l'idée pourrait nous rendre milliardaires et on
pourrait nous la voler (et non, il ne s'agit pas de breveter l'uricase
recombinante d'oursin cette fois).

JM

[Jerry M.]

Post by Jerry M.
A propos de brevets, j'ai une sérieuse question à te poser! Mais je vais
faire ça en privé, car l'idée pourrait nous rendre milliardaires et on
pourrait nous la voler (et non, il ne s'agit pas de breveter l'uricase
recombinante d'oursin cette fois).

Oups!

Pierre, il semble que ton adresse e-mail ne soit plus valide:

This message was created automatically by mail delivery software
(Exim).
A message that you sent could not be delivered to one or more of its
recipients. This is a permanent error. The following address(es)
failed:
***@free.XXXXX

SMTP error from remote mailer after RCPT TO:<***@free.XXXXX:
host mx.free.fr [YYYYY]: 550 user quota exceeded

(Note: "fr" a été remplacé par "XXXXX")

JM

[Dom Férampière ©®]

À Jerry M. et aux autres lecteurs de passage
Tss Tsss Jerry
T'as oublié tes fondamentaux chez la perfide Albion ?
=================================
........................
Organization: Allo, Purinol ? Ici Colchique dans les près.
Reply-To: ***@wanadoo.fr
X-Newsreader: Gravity Fr_Build60b v2.60
........................
==================================
neris etc ... est toujours valide mais regroupe la plupart des spams.
Je n'y suis pas allé depuis une bonne année mais la boite était déjà
pleine.
wanadoo est valide depuis 1998 je crois

@+

[Jerry M.]

Post by Dom Férampière ©®
À Jerry M. et aux autres lecteurs de passage
Tss Tsss Jerry
T'as oublié tes fondamentaux chez la perfide Albion ?

Merci!

C'est corrigé...

JM

[Dom Férampière ©®]

À Jerry M. et aux autres lecteurs de passage

Post by Dom Férampière ©®
- oublier les 35 H franco-françaises,

En changeant de labo (et de pays), ....

Ce ce qui est arrivé quand nous avons été racheté par une firme US.
Et il fallait 'achement argumenter pour obtenir le feu vert.
Le plus rigolo, c'est que le réglement ***exigeait*** la présence d'un
cadre et que dans l'équipe, il n'y avait que ça !

Ou qu'on est tout bonnement même pas mentionné du tout. Ça m'est arrivé
récemment, avec les plus plates excuses posthumes des auteurs en
question.

Ouaips, ca m'est arrivé 2 fois aussi d'où cet item.
Par contre, pas d'excuses, il a fallu que je m'en rende compte en faisant
de la biblio et quand j'ai râlé, les "distraits" ont eu l'air surpris ..
La seconde fois, j'étais dans les remerciements, j'aurai sans doute du
apprécier !

[Charles]

Post by Dom Férampière ©®
À Jerry M. et aux autres lecteurs de passage

Post by Jerry M.
Dépêche-toi, souviens-toi que si tu n'as pas moins de 25 ans et au
moins dix publis, dont quatre dans un journal d'un impact factor d'au
moins le double de ton age, tu n'auras aucune chance de trouver un
emploi ......

- être tri, voire quatriligue,
- être humble vs salaire,
- oublier les 35 H franco-françaises,
- prêt à figurer dans les auteurs à une place laissant la place
belle à d'autres qui ... que ..... (tant que l'on n'est pas
seulement dans les remerciements !
- itou pour les éventuels brevets
etc .........

sans oublier:

- savoir candidater les années où le gouvernement "rend" les postes
qu'il supprime les années précédentes,

- savoir naître une année qui n'est pas touchée par les changements
intempestifs de limite d'âge,

- lorsque le classement des concours est modifié à posteriori, savoir
faire partie de ceux qui montent et pas de ceux qui baissent,

et pour les plus jeunes: savoir faire son DEA l'année où y'a une bourse.


ah, j'oubliais, payer de sa poche les cotisations patronales si on veut
avoir une retraite décente... C'est le plus indigeste dans la longue
liste des couleuvres à avaler : avoir la précarité et les incertitudes
des gens bossant à leur compte, mais être encore moins indépendant qu'un
salarié.

[Cracoucass]

Et ça serait commercialisé bientôt?

[Jerry M.]

Et ?a serait commercialis? bient?t?

Ca a d?j? ?t? commercialis? depuis avant m?me sa publication, mais ?a ne
change strictement rien au schmilblik. Pourquoi?

[Cracoucass]

Je voulais savoir si j'en entendrais parler bientôt "in the real life" .
En fait, je n'ai jamais appris les ADN array et je me demandais s'il
fallait que j'approfondisse le sujet ou si ça disparaîtrait avant que
j'en aie besoin.

[Charles]

Post by Cracoucass
Je voulais savoir si j'en entendrais parler bientôt "in the real life" .
En fait, je n'ai jamais appris les ADN array et je me demandais s'il
fallait que j'approfondisse le sujet ou si ça disparaîtrait avant que
j'en aie besoin.

À l'époque où sont apparus les puces à ADN, on a prédit la mort des
techniques basées sur le séquençage (trop cher). Donc je ne vendrai pas
trop vite la peau des puces à ADN : ce genre de prédiction est toujours
erroné.

De plus il faut voir le problème de plus haut :


Puces : données analogiques, analyse limitée par l'échantillon de gènes
inclus sur la puce.

"Tags" : données discrètes, pas de connaissance à priori des séquences à
impliquer dans un mécanisme biologique.


Ces deux méthodologies utilisent des outils statistiques différents,
qu'il est à mon avis bon de maîtriser, car quel que soit le moyen
technique, ces grandes oppositions (continu / discret, avec / sans
hypothèse de départ) ne sont pas prêtes de disparaître...